Dofinansowanie w ramach Kredytu Ekologicznego wypłacane jest w formie premii ekologicznej. Premia nie trafia na konto Beneficjenta, a środki przelewane są wprost na konto kredytu na poczet spłaty jego części kapitałowej. Aby premia ekologiczna mogła zostać wypłacona, należy złożyć wniosek o płatność, do którego załącza się faktury, potwierdzenia płatności, protokoły i inne dokumenty potwierdzające realizację przedsięwzięcia zgodnie z wnioskiem o dofinansowanie.