Kredyt Ekologiczny może być udzielony wyłącznie przez te banki komercyjne, które zawarły umowę współpracy z Bankiem Gospodarstwa Krajowego BGK, który jest Instytucją Pośredniczącą programu. Katalog banków współpracujących z BGK przy wdrażaniu kredytu ekologicznego jest zatem katalogiem zamkniętym. W obecnym naborze na Kredyt Ekologiczny są to następujące banki:
- Alior Bank S.A.
- Bank BPS S.A. wraz ze zrzeszonymi Bankami Spółdzielczymi
- Bank Handlowy w Warszawie S.A.
- Bank Millennium S.A.
- Bank Ochrony Środowiska S.A.
- Bank Pekao S.A.
- Bank Spółdzielczy w Brodnicy
- BNP Paribas Bank Polska S.A.
- ING Bank Śląski S.A.
- mBank S.A.
- PKO Bank Polski S.A.
- Santander Bank Polska S.A.
- SGB-Bank S.A. wraz ze zrzeszonymi Bankami Spółdzielczymi
- VeloBank S.A.
- Warmińsko-Mazurski Bank Spółdzielczy
- Wschodni Bank Spółdzielczy w Chełmie
Złożenie wniosku do banku komercyjnego i pozyskanie promesy musi nastąpić przed złożeniem wniosku o dofinansowanie do Banku Gospodarstwa Krajowego. Po pozytywnej ocenie wniosku o dofinansowanie i przyznaniu dofinansowania, wnioskodawca zawiera umowę kredytową z wybranym wcześniej bankiem komercyjnym oraz podpisuje umowę o dofinansowanie projektu z BGK.