W ramach naboru nie określono zamkniętej listy audytorów uprawnionych do przeprowadzenia audytu. Możliwe jest zatem zaangażowania dowolnego podmiotu posiadającego odpowiednią wiedzę i kompetencje. Należy jednak pamiętać, że warunkiem kwalifikowania kosztu przygotowania audytu do dofinansowania jest wybór jego wykonawcy w postępowaniu konkurencyjnym. Możliwe jest również wybranie wykonawcy „z wolnej ręki”, ale wówczas koszty audytu należy pokryć z własnych środków.