Każdy wniosek o dofinansowanie projektu złożony w ramach naboru na Kredyt Ekologiczny oceniany jest wg kryteriów oceny, które są kryteriami zero-jedynkowymi. Wszystkie z nich należy spełnić.
W celu uszeregowania wniosków na liście projektów wybranych do dofinansowania w ramach Kredytu Ekologicznego określa się dla danego projektu punktację wyliczaną jako stosunek poziomu oszczędności energii pierwotnej [MWh] wskazanej przez dokument audytu do wartości wydatków kwalifikowanych [PLN].
Na liście projektów wybranych do dofinansowania szereguje się projekty od najwyższej wartości wyliczonej według powyższego sposobu do wartości najniższej.