Dodatkowe zabezpieczenie umowy w formie gwarancji bankowej lub ubezpieczeniowej jest obowiązkowe w module Wdrożenie innowacji co do zasady nie jest obowiązkowe. Instytucja udzielająca dofinansowania może zażądać ustanowienia takiego zabezpieczenia, które obejmować będzie część zwrotną dofinansowania udzielanego w formie dotacji zwrotnej. Wnioskodawca może więc przewidzieć koszty związane z ustanowieniem zabezpieczenia umowy we wniosku.